Прогнозирование на основе генов соседства: этот метод является развитием предыдущего, учитывает ту же предпосылку и вызывает те же сомнения, но считает, что гены, помимо того, что они законсервированы, должны быть соседями. Этот метод отдает приоритет выявлению консервации более близких генов, принимая во внимание, что они имеют тенденцию эволюционировать в одинаковые периоды, например опероны, транскрибируемые и транслируемые одновременно, вероятно, генерируя белковые структуры, взаимодействующие в одной функции или метаболическом пути.
Прогнозирование на основе филогенетического дерева: метод основан на биологической предпосылке, что если два белка взаимодействуют, они подвергаются одинаковому эволюционному давлению и совместно эволюционируют в организме. Таким образом, при сравнении одного и того же белка в нескольких организмах соответствующие взаимодействующие белки представят сходное филогенетическое древо, одно отражено в другом, представляя сходную эволюцию в разных организмах. Однако белки, эволюционирующие по-разному, также могут взаимодействовать и игнорироваться этим методом.
Чтобы идентифицировать взаимодействие, составляются филогении различных белков, и филогенетические деревья, представляющие сходную топологию, выявляют соответствующие белки, участвующие во взаимодействии. Это можно сделать возможным путем преобразования пар филогенетических деревьев в матрицу расстояний и вычисления коэффициента корреляции. Матрицы с высоким коэффициентом корреляции указывают на филогенетическое дерево с аналогичной топологией.
Метод, основанный на слиянии генов: биологическая предпосылка, лежащая в основе этого метода, заключается в существовании двух генов (ga, gb) в организме с функциональными доменами, гомологичными одному гену в другом филогенетически близком организме (gc), вероятно, белков, кодируемых двумя генами. отдельные гены (pa и pb) физически взаимодействуют, чтобы играть свою роль, что объясняется эволюционным процессом, который привел к слиянию генов и трансляции одного белка в другой организм (pc).
